Бей Григоракис принял турецкий ультиматум и одновременно предложил Качиони и его людям мирно пройти через область и укрыться в другом районе Греции. У Качиони не было иного выхода, и он согласился. По приказу Ламбро были взорваны и сожжены береговые батареи и суда флотилии. Большей части личного состава флотилии удалось скрытно просочиться между отрядами майонитов. А сам Ламбро с несколькими спутниками на малом судне ночью прорвался через строй турецких судов и добрался до острова Киферс, а затем перебрался на Итаку.
Далее Качиони попытался найти новое крейсерское судно и завербовать команду на Ионических островах. Однако после окончания Русско-турецкой войны венецианские власти осмелели и арестовали несколько греческих моряков и клефтов. Среди них был и Андруцос, выданный венецианцами туркам и погибший в турецкой тюрьме.
Сотни моряков, воевавших с Качиони, были насильно посланы турками служить на их корабли и галеры. Любопытно, что десятки из них находились на судах турецкой эскадры Кадыр-Бея, действовавшей в 1799 г. совместно с эскадрой адмирала Ушакова. Несчастные греки просили заступиться за них русского адмирала. Но Кадыр-Бей отказал Ушакову, поскольку он-де не может отпустить греков без санкции султана. 9 апреля 1799 г. Ушаков отправил письмо русскому послу в Турции В.С. Томаре: «…греки, служившие прежде с Ламброю Качони и попавшие в плен, которые должны по замирении и по нынешнему нашему освобождению островов и по объявлению от Блистательной Порты дружелюбному к ним расположению, как в конференции в бытность мою в Константинополе было предположено, должны быть освобождены. Таковые многие находятся ныне на эскадре и наиубедительнейше просят исходатайствовать им милосердие, командующий же эскадрою Блистательной Порты Кадыр-бей без повеления вышнего начальства уволить их сам собою не смеет и обещал об оном представить в вышнее начальство, я прошу покорнейше ваше превосходительство употребить ваше об них ходатайство испросить им свободу».
Но, судя по всему, Томара не пожелал освобождать своих соотечественников.
Качиони пришлось покинуть Ионические острова и почти два года скитаться по Европе.
В 1794 г., после многочисленных обращений через консула в Триесте надворного советника Спиридона Варуки, полковник Ламбро Качиони получил наконец долгожданное письменное разрешение от фаворита Екатерины II графа Платона Зубова вернуться в Россию. В октябре того же года Качиони с семьей прибывает в Херсон к председателю Черноморского адмиралтейского правления вице-адмиралу Н.С. Мордвинову.
Формальной причиной приглашения Качиони в Россию было начало работы комиссии, учрежденной для рассмотрения претензий по бывшей в Архипелаге флотилии, созданной указом императрицы от 7 апреля 1794 г. Действительно, без объяснений бывшего командующего было бы практически невозможно разобраться с массой жалоб и претензий, поступивших на имя императрицы, с потоком предъявленных неоплаченных денежных счетов и финансовых исков.
Однако главной причиной было намерение императрицы начать новую войну с Турцией, при подготовке которой Ламбро мог быть отличным консультантом, а после начала войны заняться привычным делом.
19 апреля 1795 г. по указу императрицы началось формирование Одесского греческого дивизиона численностью в 348 человек. Среди греков, зачисленных в состав дивизиона, было несколько десятков моряков, служивших ранее во флотилии Качиони.
Кроме того, для греков-переселенцев в районе Одессы было выделено 15 тысяч десятин земли. По приказу императрицы для греков построили 53 каменных дома. Греческим, славянским и албанским переселенцам выдавались денежные пособия, и они на 10 лет освобождались от податей. Была учреждена должность попечителя, и им стал подполковник грек Косоглу. К концу 1795 г. в Одессу с островов Архипелага переселилось до 100 семейств, из которых было 27 купцов.
После 1792 г. большинство греческих судовладельцев постепенно через подставных лиц – российских подданных – переводили свои суда под юриспруденцию империи. К 1819 г. из тысячи судов, плававших в Восточном Средиземноморье, не менее пятисот принадлежали турец-коподданным грекам. Причем около 250 приходилось на жителей островов Индра, Специя и Псари, и все они плавали под русским триколором – флагом торгового флота империи.
По высочайшему повелению полковнику и кавалеру Ламбро Качиони было выплачено «за 8 лет жалованье, за службу его во всю прошедшую турецкую войну в Архипелаге на флотилии Российской».
Прибывший в Петербург полковник Ламбро Качиони 20 сентября 1795 г. был официально представлен Екатерине II на балу в Царском Селе в день торжества рождения цесаревича Павла Петровича. Запись в Камерфурьерском журнале за этот день гласит: «Ея Императорское Величество изволила жаловать к руке приезжаго из города Херсон полковника Ламбро Качиони, которого представил старший по дежурству камергер князь А.А. Кольцов-Масальский».
Итак, императрица не только простила ему все грехи, но и обласкала его. А Потемкина не было в живых. Качиони часто появлялся при дворе Екатерины, а на голове у него была феска с вышитой серебряной рукой с надписью «Под рукой Екатерины».
Как писал П.В. Чичагов, в 1796 г. у императрицы опухли ноги, а затем появилась какая-то сыпь. В конце концов сыпь ей надоела, и она обратилась к лейб-медику Роджерсону с просьбой избавить ее от сыпи. Он отказался, «потому что знал сидячий образ жизни императрицы, полагал, что этот исход, явленный самой природой, будет благоприятствовать ее здоровью». Как-то раз вечером, во время беседы в Петергофе во дворце Марли, на которой присутствовал Качиони, когда зашла речь о здоровье, а потом о болезнях ног, Ламбро рассказал, что вылечил сыпь, употребляя соленую воду. Тогда Екатерина, тайком от своего медика велела привезти воды из Северного моря и стала делать из нее ножные ванны. Они произвели желаемое действие, но позже, по мнению доктора Роджерсона, «ванны, вероятно, вызвали апоплексический удар».
Вряд ли соленые ванны оказали серьезное воздействие на сердечно-сосудистую систему Екатерины, зато воспоминания Чичагова свидетельствуют о близости Качиони к императрице в последний год ее жизни. И дело, разумеется, не в личных симпатиях, Екатерине корсар нужен был для реализации своих планов в отношении Турции.
Адмирал Шишков в своих записках утверждает, что, получив известие о смерти императрицы, Качиони стал больше похож на восковую куклу, нежели на живого человека. О чем думал старый пират в этот момент? О славном царствовании Екатерины, с которым неразрывно переплелась его судьба? Или о крахе надежд на освобождение Греции?
20 декабря 1796 г. Павел I подписывает указ, согласно которому Качиони предписывалось отправиться на Черноморский гребной флот «в команду контр-адмирала Пустошкина в Одессу».
31 декабря того же года указом Павла I Ламбро Качиони было подтверждено его воинское звание полковника и старшинство в данном чине с 29 июля 1790 г., а также выдан соответствующий патент на чин полковника, при правлении Екатерины II ему так и не врученный. Обращают на себя внимание многозначительные слова указа, несомненно, напоминающие об ошибках Качиони. «Мы надеемся, – подчеркивает Павел I, – что он в сем Всемилостивейше пожалованном чине так верно и прилежно поступать будет, как то верному и доброму офицеру надлежит».
Но Качиони явно не хотел ехать в Одессу и служить в гребной флотилии. В мирное время практически все гребные суда на Балтике и Черном море стояли на берегу, а само направление в гребную флотилию среди флотских офицеров считалось ссылкой.
И 20 февраля 1797 г. полковник Ламбро Качиони обратился к Павлу I с прошением: «Уволить с абшитом в Архипелаг, Отечество его ради поправления таковых нужных дел», а именно для оказания необходимой помощи и поддержки родственников, ибо «заимодавцы, оставшиеся без удовлетворения, непременно будут нападать на имения родственников его и разорять их до крайности». При этом в своем прошении Качиони особо подчеркнул: «…буде впредь необходимость… то по единоверию и усердию к престолу Его Императорского Величества служить готов будет, и по подписанной при том справке».